Annie a complété un baccalauréat en biologie à l'Université Laval (1998) et une maîtrise en Biologie à l'UQAT (2002) sous la direction de Suzanne Brais et David Paré. Son sujet de maîtrise portait sur les impacts de divers traitements de résidus ligneux sur les sols argileux de peuplements de peuplier faux-tremble.
Elle a obtenu en 2012 un au doctorat en Sciences de l'Environnement à l'UQAT sous la direction de Yves Bergeron et Alain Leduc. Son sujet de thèse portait sur le déploiement spatial d’un aménagement forestier écosystémique pour le territoire nord de l’Abitibi.