Né dans le sud de la France, Jonathan Cazabonne a étudié l’écologie et l’évolution de la diversité biologique, des populations et des écosystèmes à l’Université Paul Sabatier, à Toulouse. Il est actuellement étudiant à la maîtrise à l’UQAT où il explore la diversité cachée des champignons dans les forêts d’Abitibi. Il développe son expertise autour de la connaissance et la protection des champignons, ainsi que la conservation de leurs habitats. Plus précisement, ses recherches couvrent les trois domaines suivants: la taxonomie intégrative, l'écologie des communautés d'organismes et la conservation biologique. Il s’intéresse également à l’étude des Laboulbeniomycètes, y compris leur diversité, taxonomie et systématique, ainsi que l’écologie et l’évolution de ces microchampignons biotrophes négligés. Riche d’une expérience de médiateur scientifique au sein du muséum d’Histoire Naturelle de Toulouse, il dévoue une grande partie de son travail à la communication et à la vulgarisation scientifique.

Formation académique

• Candidat M. Sc. en écologie et aménagement des écosystèmes forestiers, Université du Québec en Abitibi Témiscamingue (UQAT), IRF GREMA , Québec, Canada. Superviseurs: Miguel Montoro Girona  et Annie Desrochers  (2022-présent)
• Candidat indépendant M. Sc. en Ecologie et Evolution, 1er semestre, Université Paul Sabatier, Toulouse, Superviseurs: Monique Gardes  , Patricia Jargeat  et Hervé Gryta  (2021-2022)
• B. Sc. en Biologie - Sciences de la Vie, BOPE (Biologie des Organismes, Populations et Ecosystèmes), spécialité Physiologie, diversité et systématique des plantes; obtenu avec les honneurs (3/191). Université Paul Sabatier, Toulouse (2020-2021)
• Classes préparatoires aux grandes écoles (CPGE), BCPST (Biologie, Chimie, Physique et Sciences de la Terre), Lycée Général et Technologique Agricole de Toulouse-Auzeville (2018-2021)
• Baccalauréat Scientifique, Sciences de la Vie et de la Terre, option Européenne (mention Très Bien), Lycée Catholique Saint Gabriel, Saint-Affrique, France (2018)

Autres sites à consulter :

Projet de recherche :

Biodiversité fongique des forêts d'Esker

Imaginez que depuis votre plus tendre enfance, vous viviez dans une belle maison que vous connaissez sur le bout de vos doigts. Vous croquez la vie à pleine dents, quand soudain, vous découvrez l’existence d’une trappe qui vous mène vers le sous-sol de votre maison. Et quelle ne fut pas votre stupeur de vous rendre compte que ce sous-sol est peuplé de millions de personnes, et vous n'étiez même pas au courant... Est-ce que vous imaginez le sentiment que cela peut procurer, une telle découverte ? Et bien c’est ce qu’il s’est passé il y a une 20aine d’année pour nos forêts, avec l’avènement des outils moléculaires.

Pas de panique, vous allez voir, c’est très simple. Au quotidien, il est facile d’identifier les êtres vivants et individus à l’œil nu. Mais pour d’autres organismes, notamment ceux qui sont invisibles, ce n’est pas aussi facile. Pour eux, se baser que sur le visuel n'est pas suffisant, il manque quelque chose. Et ce quelque chose, c’est l’ADN. Tous les organismes vivants ont une empreinte unique au niveau de leur matériel génétique qui permet de les identifier. Aujourd’hui, on arrive à extraire cet ADN d’organismes présent dans l’environnement et à dire qui se cache, même si on ne les voit pas. C’est comme ça qu’on s’est rendu compte que les sols forestiers renfermaient en réalité une importante diversité de microorganismes, et notamment, de champignons.

Et là vous vous dites, pourquoi il parle de microorganismes pour désigner des champignons? Oui, généralement, un champignon est un ensemble de filaments microscopiques dans le sol ou de simples cellules, et de temps en temps, certains font un clin d’œil dans le visible en produisant une fructification. Cette dernière est l'appareil reproducteur du champignons. Les champignons peuplent l’entièreté du sol et sont les auxiliaires de vie des forêts. Les champignons font "les courses" pour les plantes en allant leur chercher de la nourriture dans le sol; les champignons sont "les éboueurs"" des forêts, ils balayent le sol de la matière morte qui tombe et finalement, les champignons sont même "les médecins" de la forêt en protégeant chimiquement et physiquement les plantes contre de potentiel pathogènes. Mais dans certaines régions et certaines forêts, comme ici, dans les forêts d’esker en Abitibi, on ne connait pratiquement rien sur les champignons microscopiques de ces sols et c’est eux qui font l’objet de mon projet de maitrise.

J’essaie de répondre à ces questions finalement très simples, qui sont là ? Pourquoi ils sont là et est-ce qu’ils sont différents des voisins ? On s’attend à ce que ce soient les caractéristiques du sous-sol de cette maison qu’est la forêt qui explique la présence des champignons qu’on y trouve. Comment savoir qui est là? Vous l’avez compris, via l’ADN. Comment savoir pourquoi ils sont là ? En caractérisant la physique et la chimie des sols sableux des eskers par rapport au sol voisin, les sols argileux. A quoi on s’attend ? Pour comprendre, imaginez le sol comme une épicerie. Le sol sableux des eskers sont comme une épicerie où il n’y aurait pas beaucoup de nourriture. Ce qui vont pouvoir survivre sont ceux qui seront les plus rapides à récupérer le peu de nourriture présent, premier arrivé premier servi. En somme, des champignons compétiteurs à croissance rapide. Pour l’argile, de la nourriture, il y en a en masse, alors pourquoi se presser? Il y a de la nourriture pour tout le monde, donc des champignons moins compétiteurs, à croissance plus lente.

Alors vous allez me dire, et alors? Pourquoi tu nous parles de tes champignons qu’on ne voit même pas? Imaginez que vous enleviez à une ville ses épiceries, ses éboueurs et ses médecins? Et qu’en plus, le thermostat de la ville fait des misères? Et bien c’est ce qu’il se passe avec les coupes intensives dans les forêts d’esker et les changements climatiques. Ces derniers ont des impacts considérables dans l’invisible et sont entrain de modifier des communautés d’organismes qu’on n’a même pas encore eu le temps découvrir. Il est donc crucial de vite accumuler des connaissances fondamentales sur les champignons des eskers, car comme on dit, proche des yeux, proche du cœur ; mieux les connaître c’est mieux protéger ces héros de nos forêts qui se cachent dans les sols et qui sont bien plus importants (fonctionnellement et structurellement) que les arbres qui se trouvent au-dessus, ainsi que les humains qui, impunément, les piétinent.

Voici le résumé officiel du projet

Malgré leur implication dans le fonctionnement et la structure des forêts, les champignons du sol restent peu connus et investigués dans les écosystèmes forestiers nordiques. L’intensification de l’exploitation des forêts au Québec rend urgent l’amélioration de nos connaissances sur les communautés fongiques du sol, en particulier celles présentent dans les peuplements de pin gris sur les eskers. Ce projet vise à caractériser la diversité, la composition, la structure et la distribution spatiale des communautés fongiques dans le sol des eskers d’Abitibi. Nous supposons que ces communautés présentent des patrons horizontaux et verticaux distincts et expliqués par les différences de conditions physicochimiques du sol. Pour l’horizon de la litière, organique et minéral, la texture, l’acidité, la teneur en carbone et azote, ainsi qu’en nutriments seront mesurés à la fois pour les dépôts fluvioglaciaires des eskers et les dépôts glaciolacustres de la ceinture argileuse. Les communautés fongiques du sol seront caractérisées par des techniques de métabarcodage de l'ADN environnemental. Un inventaire forestier complet sera également réalisé afin de caractériser chaque site. Nous nous attendons à observer une plus faible diversité taxonomique et fonctionnelle dans les eskers aux vues de l’acidité et de la faible disponibilité en nutriments dans les sols sableux. On s’attend à trouver une plus grande abondance d’espèces acidophiles compétitrices à croissance mycéliale rapide, comme les ascomycètes. De plus, les différences d’assemblage des communautés seront plus marquées sur l’axe horizontal (esker versus argile) que sur l’axe vertical (entre horizons). Ce projet permettra pour la première fois de caractériser les communautés de champignons microscopiques dans les forêts d’eskers à l’aide des outils moléculaires. Ces connaissances fondamentales ont pour vocation d’être intégrées dans les objectifs de conservation de la diversité biologique de l’aménagement forestier écosystémique à l’échelle des eskers.