Titulaire de la Chaire de recherche du Canada - Biodiversité et Interactions des plantes et de la vie microbienne.

Thématique : Beaucoup d’espèces microbiennes vivent sur les feuilles des plantes et jouent un rôle important dans la croissance et la fonction des plantes, ainsi que sur l’activité des écosystèmes forestiers. En regard de l'importance de la biodiversité pour la santé humaine et le développement durable de l'économie québécoise et canadienne, la Chaire tente de mieux comprendre l'écologie, l'évolution et la biodiversité ainsi que ses impacts sur la santé et la croissance des arbres. Ses recherches permettent de prévoir les interactions entre la biodiversité végétale et les écosystèmes au Québec et de proposer des avenues pour améliorer les pratiques en gestion forestière.

Mes activités de recherche actuelles incluent l'utilisation de séquençage ADN de haut débit pour comprendre la diversité et l'assemblage des communautés microbiennes et l'écologie évolutive des plantes et des bactéries dans les forêts tempérées et tropicales. Bien que j'utilise beaucoup de méthodes quantitatives et la bioinformatique dans mes recherches, je suis également un biologiste de terrain; j’ai en effet effectué des recherches dans les écosystèmes forestiers et appliqué la théorie écologique à la gestion durable des forêts boréales.

L'ÉCOLOGIE COMMUNAUTAIRE ET L'ÉVOLUTION DES PLANTES ET DES MICROBES

Nous nous intéressons à la compréhension des processus écologiques et évolutifs qui structurent la biodiversité. Pourquoi des espèces sont plus nombreuses dans un milieu plutôt que dans un autre? Quelle est l'importance des processus comme la dispersion ou la compétition pour déterminer la structure des communautés? Comment pouvons-nous utiliser les données phylogénétiques et les traits fonctionnels pour comprendre l'assemblage des communautés? Nous utilisons les études sur le terrain, les expériences, et les simulations pour répondre à ces questions.

RELATIONS ENTRE HÔTE ET MICROBE

Comment les microbes influencent leurs hôtes, et vice versa? Nous utilisons le séquençage environnemental et les analyses bio-informatiques pour étudier les relations entre les microbes et les hôtes qui incluent aussi bien des humains que des plantes. Nous étudions les effets des microbes sur la croissance, la fitness, et la fonction de leurs hôtes. Nous examinons aussi l'assemblage des communautés des microbes sur les feuilles et les racines des arbres dans les forêts boréales, tempérées, et tropicales.

LES ANALYSES BIO-INFORMATIQUES ET LES MÉTHODES STATISTIQUES

La plupart des projets dans le laboratoire utilisent le séquençage environnemental pour mesurer la biodiversité microbienne. Ces nouvelles technologies de séquençage produisent une grande quantité de données, et il est parfois difficile de les analyser. Comment peut-on intégrer ces données qui comprennent des milliards de séquences de l'ADN? Afin de analyser ces milliards de séquences, il y a besoin urgent de créer des nouvelles méthodes statistiques et des logiciels. Dans notre laboratoire, nous développons les méthodes statistiques et des logiciels libres qui permettent aux biologiques d'utiliser ces nouveaux types de données dans leurs analyses.

Autres sites à consulter :

Centre d'étude de la forêt (CEF)  Site du labo Kembel  profil GoogleScholar

Autres sites à consulter :